首先，人感染乙肝病毒后，血液中的乙肝病毒有坚硬的蛋白质外壳。因此，治疗乙肝的药物很难直接对病毒产生作用，必须依赖人体的免疫功能。
其次，乙肝病毒的复制是在肝细胞内进行的，而治疗药物必须是小分子物质才能进入肝细胞内发挥抗病毒作用。乙肝病毒在人体肝脏以外的组织中的潜伏期平均为90-120天，因此抗病毒药物要发挥作用，必须要有足够的疗程、系统的治疗。
第三，乙肝病毒在某些药物作用下，会发生病毒基因变异，产生耐药性或免疫逃避。因而在选择治疗药物时应当慎重。第四，乙肝病毒感染肝细胞后，随着病程的延长，病毒可能与肝细胞的基因产生整合。一旦发生这种现象，治疗难度就会明显加大。因此，乙肝治疗必须及时。
此外，乙肝垂直传播容易形成的免疫耐受。感染乙肝病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，由于免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，不能有效地识别乙肝病毒，从而造成乙肝病毒感染。再者，乙肝病毒的复制模式不同于一般病毒，会有病毒复制的原如模板形成，并稳定地贮存在肝细胞核内，一般的抗病毒药对模板无效，因而乙肝患者在停药后往往发生病情反复。
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